Temuan Utama

Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer spesifik gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) pada Manouria emys (Kura-kura Raksasa Asia) serta menganalisis divergensi genetik populasi Sumatera dibandingkan dengan populasi global yang telah dilaporkan, mengingat spesies ini berstatus sangat terancam punah dan memerlukan dukungan data genetik untuk konservasi. Hingga kini, data gen COI dari populasi Sumatera belum tersedia, sehingga penelitian ini menjadi laporan molekuler pertama untuk wilayah tersebut. Primer dirancang menggunakan Primer3Plus, PrimerROC, IDT OligoAnalyzer, dan Primer-BLAST, menghasilkan pasangan primer MEPF1 (TCAGCCACCTTACCTGTGTT) dan MEPR3 (ACAGTAAATATGTGGTGGGCTC) yang mampu mengamplifikasi fragmen COI ±900 bp dengan karakteristik termodinamika yang optimal. Hasil sekuensing menghasilkan fragmen COI sepanjang 886 bp yang terkonfirmasi sebagai M. emys dan dianalisis bersama 29 sekuens referensi global melalui analisis filogenetik dan haplotipe. Analisis Maximum Likelihood menunjukkan bahwa sampel Sumatera berkelompok dalam klad M. emys emys, bersama sampel dari Kalimantan dan Taipei Zoo. Divergensi genetik rendah ditemukan dalam subspesies, namun lebih tinggi antarspesies, sementara analisis haplotipe menunjukkan terdapat tiga haplogrup yang terdiri dari haplogrup subspesies M. emys emys, M. emys pharei dan M. emys yang subspesiesnya belum terkonfirmasi.

Potensi Manfaat

Potensi manfaat riset ini meliputi tersedianya data sekuens gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) Manouria emys asal Sumatera yang terarsipkan pada basis data genom internasional (NCBI) sebagai referensi genetik yang tervalidasi. Data ini dapat dimanfaatkan sebagai rujukan dalam studi filogenetik, biogeografi, dan pemantauan keragaman genetik populasi M. emys di Indonesia dan kawasan regional. Selain itu, primer spesifik yang berhasil didesain memiliki tingkat spesifisitas yang lebih tinggi dibandingkan primer universal yang sebelumnya digunakan pada penelitian gen COI M. emys, sehingga lebih andal untuk aplikasi molekuler pada spesies ini. Primer tersebut berpotensi digunakan dalam berbagai keperluan, seperti identifikasi spesies berbasis DNA (DNA barcoding), analisis struktur populasi, deteksi sampel non-invasif atau terdegradasi, serta mendukung kajian genetika forensik satwa liar untuk penelusuran asal usul individu dalam konteks perdagangan ilegal