Barcode DNA untuk Analisis Divergensi Genetik Kura-Kura Raksasa Asia (Manouria emys) yang Terancam Punah Asal Pulau Sumatera

Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer spesifik gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) pada Manouria emys (Kura-kura Raksasa Asia) serta menganalisis divergensi genetik populasi Sumatera dibandingkan dengan populasi global yang telah dilaporkan, mengingat spesies ini berstatus sangat terancam punah dan memerlukan dukungan data genetik untuk konservasi. Hingga kini, data gen COI dari populasi Sumatera belum tersedia, sehingga penelitian ini menjadi laporan molekuler pertama untuk wilayah tersebut. Primer dirancang menggunakan Primer3Plus, PrimerROC, IDT OligoAnalyzer, dan Primer-BLAST, menghasilkan pasangan primer MEPF1 (TCAGCCACCTTACCTGTGTT) dan MEPR3 (ACAGTAAATATGTGGTGGGCTC) yang mampu mengamplifikasi fragmen COI ±900 bp dengan karakteristik termodinamika yang optimal. Hasil sekuensing menghasilkan fragmen COI sepanjang 886 bp yang terkonfirmasi sebagai M. emys dan dianalisis bersama 29 sekuens referensi global melalui analisis filogenetik dan haplotipe. Analisis Maximum Likelihood menunjukkan bahwa sampel Sumatera berkelompok dalam klad M. emys emys, bersama sampel dari Kalimantan dan Taipei Zoo. Divergensi genetik rendah ditemukan dalam subspesies, namun lebih tinggi antarspesies, sementara analisis haplotipe menunjukkan terdapat tiga haplogrup yang terdiri dari haplogrup subspesies M. emys emys, M. emys pharei dan M. emys yang subspesiesnya belum terkonfirmasi.
Tahun Penelitian: 2025
Ketua: Ashrifurrahman, S.Si, M.Si
Anggota:
- Drs Syaifullah, Ph.D
Kata Kunci: DNA barcoding; Filogentik; Jarak genetik; Kura-kura kaki gajah
![[Kajian Bakteri Asam Laktat (BAL) Asal Pekasam Penghasil Glutamat Penghilang Aroma Amis pada daging itik Melalui Pendekatan Metabolomik]](https://sippmi.unand.ac.id/katalog_penelitian/Slide11775290376.jpg)

